中美两国科学家进行的一项联合研究表明，尽管Bt转基因棉花能有效控制棉铃虫，但长期种植会导致其他害虫肆虐，这使得中国种植的Bt转基因棉花长期经济性不如预想。这一结果表明种植转基因棉花的效益还需要观察。
科学家调查的Bt转基因棉花是第一种投入商业种植的转基因棉花。它因在棉花基因组中插入苏云金杆菌（Bt）基因而得名，能分泌毒素杀死棉田最主要的害虫棉铃虫。早先的一些小规模研究表明，转基因棉花能有效提高棉田单产、降低杀虫剂用量，有较好的经济和环保效益，因此已陆续在美国、中国和印度等多个产棉国推广。
中美两国科学家对中国481户棉农的长期研究揭示了问题的另一面。研究人员经过历时7年的跟踪调查后发现，这些农户在种植转基因棉花的第3年经济效益最大，他们的平均杀虫剂用量比种植普通棉花者低70％，而收入要高出36％。
但情况从第4年开始发生逆转。转基因棉花尽管抑制了棉铃虫，但它无法杀死盲蝽等其他害虫，导致盲蝽侵害棉田。当年转基因棉花种植户杀虫剂用量上升，投入成本比普通棉花种植户高了3倍，而他们的收入却低了8％。到第7年，转基因棉花种植户所使用的杀虫剂，已明显高于普通棉花种植户，加上转基因棉花种子成本也较高，使棉花种植户的收入大幅下降。
康奈尔大学教授、这一研究的美方负责人平斯特拉普·安德逊说，早先科学家曾认为Bt转基因棉花可能面对的最大挑战是棉铃虫产生抗药性，但他们的研究结果表明，转基因棉花无法对付的“第二害虫”会造成更大的为害。他认为，只有尽快开发出抑制其他害虫的方法，才能让Bt转基因棉花产生明显的效益。
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